El CEDESI se constituyó formalmente en 2014 a partir de la conjunción del Centro de Estudios en Pedagogías Contemporáneas y el Programa de Estudios Sociales en Género Infancia y Juventud que tuvo lugar en 2012. Su sede es la Escuela de Humanidades de la Universidad Nacional de San Martín.
La conformación del Centro de Estudios Desigualdades, Sujetos e Instituciones permitió la integración de saberes y perspectivas provenientes de diversos ámbitos de las ciencias sociales, así como de otros campos científicos, con el objeto de producir, intercambiar y transferir conocimientos referidos a la construcción social de la subjetividad, producción y reproducción de desigualdades en distintas instituciones y espacios sociales.
Se trata de un Centro que recupera e integra en un mismo espacio académico la trayectoria y las producciones de equipos de docentes-investigadorxs con eje en dos grandes líneas de estudios: los Estudios en Pedagogías Contemporáneas centrados en la institución escolar y sus contextos, y los Estudios Sociales en Género, Infancia y Juventud alrededor de políticas sociales y derechos de niñxs y jóvenes.