El Centro está coordinado académicamente por un/a director/a y un/a codirector/a que son electos por el Decano del Instituto de Altos Estudios de la Universidad Nacional de San Martín a propuesta de una asamblea de los investigadores miembros convocada para tal fin en el marco del Centro de Estudios Históricos. Para dicha propuesta se decide entre los investigadores que sean miembros plenos del Centro al momento de realización de la asamblea. Los Coordinadores tienen una duración de dos años en el cargo. En la medida en que existan condiciones para hacerlo, se nombrará un asistente que colabore con los coordinadores.
Son obligaciones y prerrogativas de los coordinadores.